2026年10月3日に那覇市で発生した強盗殺人事件でアメリカ海兵隊員が逮捕されたことを受け古謝知事は10月5日、日本政府とアメリカ軍の代表を県庁に呼び出し抗議しました。古謝知事は「米軍および日米両政府の責任において、日米地位協定の見直しや、米軍人の教育改善など、実効性のある抜本的対策を講じるようお願いする」と述べました。10月5日古謝知事は、知念那覇市長と、アメリカ側から沖縄に駐留する軍のトップ、ワトソン四軍調整官と、オウ総領事、日本側は紀谷沖縄大使と村井沖縄防衛局長をそれぞれ呼び出し抗議しました。知念市長と連名の抗議文では、今回の事件を「極めて悪質で断じて許されない」とし「軍の綱紀粛正、人権教育が全く機能していない」と指摘、日米地位協定の見直しなど抜本的な対策を求めました。沖縄に駐留し、海兵隊司令官も兼ねるワトソン四軍調整官は抗議終了後、報道陣にワトソン四軍調整官は「我々は良き隣人であり続けることに全力を尽くす。県民の皆様の信頼を勝ち得る、努力を続けていく」と述べました。報道陣に質問する機会を与えないまま退出するワトソン四軍調整官へ記者が謝罪をしなかったことについて投げかけられた質問には「進行中の捜査にはコメントしない」と述べるにとどめました。高市総理は「（米側に）米軍関係者の綱紀粛正と事件の再発防止の徹底を強く求めたところです」ときょうの国会の所信表明演説の冒頭で今回の事件に言及しました。古謝知事は抗議終了後報道陣の取材に、早ければ10月7日にも上京して政府に抗議する考えを示しています。